Российский Зерновой Союз за годы своего существования стал хорошо структурированной системой, различные органы которой решают стоящие перед Союзом задачи. Часть из них является постоянно действующими, часть собирается по мере необходимости.

Постоянно действует Аппарат Президента РЗС. Укомплектованный высококлассными специалистами, профессионалами в своих областях, Аппарат Президента РЗС способен решать все задачи, которые ставят перед ним члены Союза. Аппарат включает в себя ряд департаментов, каждый из которых имеет своего директора, его заместителей и специалистов.

Также постоянно действующим органом является Информационно-консультационный центр. Задачей этого центра является предоставление членам Союза полной, достоверной и своевременно предоставленной информации, оказание им консультаций.

Третейский Суд РЗС существует с момента основания Союза. Одним из направлений деятельности Российского Зернового Союза является организация процедуры внутреннего арбитрирования, для реализации этой цели и был создан Третейский суд РЗС, в который могут обращаться как члены РЗС, так и не входящие в Союз организации.

Третейский суд РЗС стал одним из важных  для зернового рынка проектов, так как его деятельность полностью соответствует интересу членов РЗС и иных игроков зернового и смежных рынков, объективному и высококвалифицированному рассмотрению возникающих споров.

Также в РЗС действует ряд коллегиальных совещательных структур, созданных по решению Совета Директоров РЗС для решения конкретных задач. Это комитеты, комиссии, рабочие группы и Совет экспортеров. В работе этих органов может принять участие любой заинтересованный член РЗС, а также сторонняя организация по решению членов соответствующего органа.